Vos questions

« Quelle est la différence entre une bactérie et un virus ? » « Comment on extrait de l’ADN ? » … vous vous posez des questions sur la biologie ? Posez les ici et je me ferai une joie d’y répondre ! …dans la limite de mes connaissances bien sûr ! (Je suis spécialisée en bactéries et en évolution.)

28 commentaires:

  1. Bonjour, amie de JJ que je ne connais absolument pas IRL ! C’est
    dommage que cette section « vos questions » soit aussi vide… voilà de
    quoi la remplir, avec une question d’opinion plutôt que factuelle.

    En fréquentant au moins un informaticien, tu as dû entendre des
    comparaisons entre l’ADN/ARN et des trucs de théorie du calcul
    (quines, machines de Turing, etc.) comportant une part
    d’auto-référence voire d’auto-réplication. Il est tentant de voir la
    génétique comme un système de codage de données discrètes (ACGT ou 01,
    quelle différence ?) et de calcul. Pourtant ce point de vue ne semble
    pas avoir eu beaucoup de succès en biologie. Bernard Chazelle (qui
    travaille sur les « algorithmes naturels ») dit que les machines de
    Turing ne répondent juste pas aux questions que les biologistes se
    posent réellement. Giuseppe Longo est encore plus sévère :

    « […] the discrete-computational approaches, flat (or better:
    unidimensional) visions of the world, according to which the Universe
    (Wolfram and others), the brain (too many to mention), or DNA (Monod,
    Jacob, Crick…) would be a (large, medium or small ) Turing
    Machine. The great invention of Gödel, Turing and others in the 1930s,
    the theory of logical-formal – computability, instantiated in machines
    that today are changing our world, is projected by these stances to
    the world and identified with it, even while it was originally
    developed, within (Frege and) Hilbert’s logical systems, thus to
    explicitly distinguish itself from the world. Nowadays these
    approaches are not so counterproductive in physics, where they are
    mostly ignored: in biology, instead, such frameworks and methods
    exclusively grounded on discrete sets of strings of code have
    profoundly impaired the comprehension of biological phenomena. […]

    The discrete-computational outlook has not helped us (or has not
    permitted us) to detect the role of endocrine perturbators of the
    80.000 (sic) artificial molecules that we produced in the twentieth
    century. These were mostly presumed to be innocuous, below arbitrarily
    imposed individual thresholds, since not stereo-specific (not in exact
    physico-chemical-geometric correspondence) and thus unable to
    interfere with molecular-computational cascades, necessarily
    stereo-specific, going “from DNA to RNA to proteins” (the Central
    Dogma of molecular biology), and with hormonal pathways. It should be
    noted, indeed, that exact molecular stereospecificity was deduced,
    against experimental evidence that were already available: it is
    ‘necessary’, as Monod (1972) puts it, for the transmission of
    computational information and for the genetic programme to function. »

    (Source : http://www.di.ens.fr/users/longo/files/PhilosophyAndCognition/Review-Zalamea-Grothendieck.pdf )

    As-tu un avis sur la question ?

    1. Salut ami de JJ que je ne connais pas 😉

      En fait j’en ai très peu entendu parler. Il faudrait peut-être donc blâmer JJ 😀
      En me fiant à la définition de la machine de Turing sur Wikipedia, je peux tout d’abord constater qu’il y a une différence majeure entre la machinerie cellulaire et la machine de Turing : la stochasticité.
      Contrairement à ce qu’on pourrait croire, le fonctionnement cellulaire repose pas mal sur le hasard et l’instabilité. Bien sûr, l’ADN et l’ARN codent un message destiné à être traduit et nous savons comment. Cependant, l’expression de ce message, sa lecture et son interprétation ne se font pas exclusivement sur un principe oui/non ni de façon tout à fait exacte. Certes, la plupart du temps, tout cela se fait correctement, mais encore faut-il connaître tous les paramètres de l’exécution du programme (modification possible du message, stabilité dans le temps, interaction avec d’autres messages…).
      Ensuite, il y a une grande part d’inconnues dans le code génétique : comprendre le rôle des séquences non codantes, le rôle des protéines liés à l’ADN, etc…
      Il est très tentant d’imaginer les cellules comme des petites machines de calculs, ou des algorithmes auto-évolutifs, mais malheureusement tout n’est pas aussi simple et comme tu l’as cité de Bernard Chazelle, cette conception de la biologie ne répond pas forcément à nos questions.

      J’espère que ma réponse n’est pas trop à côté de la plaque ! xD

      1. Merci pour cette réponse qui est pas du tout à côté de la plaque. Notamment pour le rôle du hasard et des contingences qui est vraiment un truc dont l’informatique ne sait pas bien rendre compte. Finalement ça me donne l’impression (en tant que profane) qu’en biologie l’objet d’étude est vraiment un gros bordel et qu’on a du mal à trouver des modèles simples…

        Dans le genre modélisation inspirée de l’informatique incorporant de la stochasticité, il y a les travaux de Vincent Danos (je connaissais ce chercheur par ses travaux antérieurs en logique mathématique et je suis complètement ignorant de ce qu’il a fait en biologie ; tu comprendras sans doute mieux que moi ses travaux récents).

  2. Salut ! Super tes BD, j’aime bien ta façon de dessiner et les thèmes abordés sont originaux ! ^^
    Pourras-tu nous parler d’analyse procustéenne ?
    Est-il nécessaire de faire des trous dans une boite pour faire respirer le mouton… de poussière (et d’organismes vivants divers et variés) qui s’y trouve(nt) ?

    1. Pourras-tu nous parler d’analyse procustéenne ?

      Malheureusement non car j’ignore ce que c’est !

      Est-il nécessaire de faire des trous dans une boite pour faire respirer le mouton… de poussière (et d’organismes vivants divers et variés) qui s’y trouve(nt) ?

      Tout dépend si l’on veut isoler les organismes qui respirent ou non. Empêcher la circulation d’air va favoriser les organismes faisant de la fermentation, un mode de production d’énergie qui ne nécessite pas d’oxygène. J’en profite pour dire qu’il est possible pour les microorganismes d’utiliser autre chose que de l’oxygène pour respirer, mais ça c’est une autre histoire :)

      1. Tant pis pour l’analyse, je ne saurais pas non plus du coup ! 😀

        ♥ Ta réponse pour le mouton ! ^^ Même si j’espérais que ça t’encourage à faire une nouvelle planche pour me répondre. Peut-être pour nous raconter l’« autre histoire » (celle de ceux qui utilisent autre chose que de l’oxygène).

  3. Salut !^^
    Tes publications sont toujours aussi intéressantes, continue comme ça, on attend la suite avec impatience 😉
    J’espère que tu vas trouver ta nouvelle orientation sans trop de difficultés mais tu ne devrais pas trop t’inquiéter vu tes différents talents de dessinatrice, scientifique et pédagogue.

    Petite question au passage, y aurait-il moyen d’accéder à ta thèse via internet ? Je sais que certaines universités les mettent en ligne et le thème m’intéresse carrément^^

    1. Salut !
      alors déjà, désolée si je t’ai pas dit bonjour quand je suis passée à la librairie, je suis très timide et j’ai toujours peur de déranger. Ma thèse sera certainement accessible, mais le manuscrit ne sera probablement publié avant la fin de l’année. Pour le moment c’est la rédaction, donc la galère… _(:3/ L)_

  4. … et j’ai oublié de cliquer sur « répondre », désolé ça va faire moche par ma faute :p

    Haha, je comprends, ne t’inquiète pas, j’ai le même problème : j’ai toujours peur de déranger :p (et dans mon cas je ne veux pas en plus donner l’impression d’abuser de mon statut de vendeur pour m’imposer aux gens T-T )
    Bref en tout cas n’hésite pas, ça ne me dérange pas, au contraire, ça fait plaisir^^ D’autant que je crois me rappeler que tu aimes bien les art-book et que j’ai moyen d’importer à peu près tout mais je dois faire une sélection pour le magasin. Donc si tu en cherche en particulier ne te gène pas pour demander 😉

    En attendant bon courage pour ta rédaction de thèse^^ (je te proposerai bien de t’aider mais je vois pas trop comment donc je me contente d’envoyer des ondes positives :p )

    EDIT : je déplace ton commentaire là du coup :)

    1. Aaah me dire que je peux éventuellement commander des artbooks ça me suffit (>u<)9 Merci pour le soutien et tout, j'espère trouver le temps de poster un peu avant les vacances, j'ai plein d'idées ! Et ton Tumblr est super sympa 😮

  5. Bonjour j’ais adoré votre conférence aujourd’hui *0*
    Je sais sais que mes questions on aucun rapore avec votre blog et je m’excuse d’avance 😳 😄 les questions que je me pose sont sur vos techniques de dessin, vous utilisé quels matériels? Ces quoi leurs marc? vous les avez acheté ou? Et vous faire vos dessins sur quel programme?
    Merci beaucoup pour vos réponse 😄😃😀 .

    1. Bonjour et merci pour la question !! Ravie que la conférence vous aie plu !!
      Alors pour mon matériel c’est très simple :
      Tablette Wacom Bamboo – achetée chez un revendeur de matériel informatique classique
      Clip Studio Paint (Pro) – acheté en ligne (15€ quand y’a des promo) – parfois aussi sur Krita (Gratuit)
      Eventuellement parfois papier crayon, mais je dessine la plupart du temps directement sur ordi.

      Pour les croquis, je vous invite sur mon Twitter d’illustration @Pellentz :)

  6. Coucou, aujourd’hui j’étais en visite à l’UPEC pour la journée des Cordées et j’ai vraiment aimé ta conférence du matin où tu nous racontais ton parcours jusqu’à ta thèse dans la biologie. J’ai trouvé ça hyper intéressant, instructive et ouais même admirant un peu. Surtout quand tu nous a raconté ta demande de stage aux Etats-Unis et lors d’une conférence, c’était vraiment inspirant l’idée du culot!! Et c’est l’une des idées importantes que j’ai retenue aujourd’hui.
    Puis j’ai visité ton blog et il est vachement bien fait: tes dessins sont magnifiques, tes explications sont claires puis voilà on sent que tu veux nous faire apprendre des choses!
    Et je voulais te poser qlq questions, j’avais l’intention de te les demander à l’amphi mais bon, je suis assez timide 😖😖
    – Est-ce que tu prévois de sortir un manga sur la bio?
    – Et comment s’est passé ton année aux États-Unis? La langue, le langage scientifique, bosser en parlant anglais, etc. Ça t’a apporté des choses?

    En tt cas bonne continuation et bon courage pour la suite!
    PS: Si j’ai qlq difficulté en cours, je pourrais te poser des questions, comme je suis STL spécialité biotechnologie, c’est pas si éloigné que ça par rapport à ce que tu fais. 😊

    1. Wouahou merci pour tous ces compliments, ravie que cette conf aie plu !!!
      Je suis timide et je ne pose jamais de questions en amphi, alors je comprends tout à fait !

      – J’aimerais bien sortir un manga sur la bio, ma grande question est surtout sur le scénario/genre, mais c’est en cours (et toutes les idées sont bienvenues)
      – Pour mon stage aux Etats-Unis, ça s’est bien passé, à la fin on devient presque bilingue, en tout cas très à l’aise pour échanger !!!! Une grande expérience culturelle et scientifique !!

      Pas de problème pour les questions, quand vous voulez, soit ici soit directement sur Twitter @Pellentzarium !!!!!

  7. Bien le bonsoir !
    Je suis actuellement en 2nd et … bah je cherchais des informations pour ma futur voie et accessoirement mon exposé >.> Je suis par hasard tombé sur une rubrique de ce site sur Echoscience.
    J’aime beaucoup ! Je vais y passer plus de temps après avoir finis tous ça.
    Enfin bref, je voulais vous posez 3/4 questions parce que … Et bien je m’intéresse beaucoup aux Science et particulièrement a la Biologie et j’aimerais savoir … est ce que c’est une voie sure ? Parce que ce n’est pas les longues études qui me font peur… mais le manque de travail et aussi le fait que ça ne me plaise pas ! Je sais que ma question est vague mais : y’en a t’il vraiment pour tous les gouts niveau Biologie ? Je veux dire que je pensais particulièrement a la Bio sous-marine (étant fils de plongeur et plongeur moi meme ^^’). J’ai aussi fait mon stage dans un labo (j’habite en Guyane française) qui était très intéressant. Cependant la personne qui me gérait m’a dit qu’il y avait particulièrement une bonne ambiance comparé a la majorité des labos français… j’aimerais donc savoir si c’est vrai ? Est ce que l’ambiance est mauvaise et le matériel moyen ?
    Y a t’il vraiment tant de rivalité entre les scientifique quand au découvertes et a la recherche ?
    Beaucoup de question que seul une personne dans le milieu peut me répondre. J’ai déjà eu des réponse venant de la part d’une personne. J’aimerais avoir l’avis des autres. Je refuse de me baser que sur l’avis d’une seule personne ! Et comme j’ai quelque problème a demander en face des gens je me suis dis que j’aurais plus de chances sur internet en étant plus ou moins anonyme.
    Donc voili voilou … Je voulais aussi savoir si il fallait vraiment être une bête en science ou un génie ? Car je ne m’estime pas particulièrement mauvais …mais très loin d’être particulièrement bon.
    Sinon tres bien et j’ai adoré vos dessins ! 😀
    J’espere ne pas avoir fait trop de faute qui pique les yeux et m’etre correctement exprimé. Je vous souhaite une bonne chance pour la suite !

    1. Je tenais aussi a vous dire que c’était très rafraîchissant de voir des gens qui voient les science de façon drôle ! Aussi de savoir qu’il y a des gens qui apprécient toujours les mangas/animes dans le monde adultes. Car pendant un moment je pensais que les gens perdaient se genre de coter rigolo/fou d’eux!

    2. Bonjour!!
      Merci pour la lecture de blog et pour toutes ces questions !!
      Déjà, il ne faut pas croire que devenir adulte nous fait abandonner ce que l’on aime !! Parmi les gros consommateurs de mangas/animes, il y a beaucoup d’adultes qui ont grandi avec (comme moi) et qui n’ont pas quitté le bain… Et je ne pense pas que je le quitterai un jour haha…
      Ensuite pour la science… Déjà, si la science t’intéresse, je ne peux que t’encourager à poursuivre tes études dans cette voie ! La science que l’ont fait au lycée est très différente de ce que l’on étudie dans le supérieur. Il n’y a qu’en essayant que tu pourras voir si tu aimes ou pas. Il y a d’autres débouchés que la recherche institutionnelle, et c’est aussi important que tu te renseignes sur tout ça pour voir ce qui te convient le mieux. Il n’y a pas besoin d’être un génie pour faire carrière en tout cas, il faut juste que tu travailles suffisamment ! Tous les secteurs de la biologie ne recrutent pas autant, mais c’est bien d’essayer de faire ce que l’on aime d’abord…
      En ce qui concerne l’état du monde de la recherche… Hé bien en ce moment, c’est pas la grande forme. Les financements sont assez limités et donc le nombre de postes disponibles se réduisent eux aussi. De façon assez étrange, il vaut parfois mieux faire technicien (niveau licence) que chercheur (niveau doctorat) au niveau des possibilités d’emploi. Du coup, avec la réduction des financements, tous les laboratoires ne sont pas égaux. Certains sont très bien équipés, et tournent à plein régime, et d’autres vivotent en attendant que la situation s’améliore. Il n’y a pas vraiment de généralité. Lorsqu’on est étudiant, c’est bien d’aller faire des stages pour voir la réalité du terrain. C’est pareil pour l’ambiance, cela dépend vraiment des endroits… Quant à la concurrence, il y a effectivement une certaine compétition entre les chercheurs, notamment dans des thématiques avec des enjeux financiers, comme dans la recherche appliqué au médical. Après le temps que tu t’engages toi-même dans la recherche, tout ça aura le temps de changer encore un peu !!!

      J’espère que j’ai pu répondre à tes questions. Si tu en as d’autre, n’hésite pas à revenir, ou m’envoyer un message sur Twitter. Et puis, normalement très bientôt sur le blog devrait arriver un manga (un vrai) sur le monde de la recherche… j’y travaille en ce moment :)

      1. Ce serait un grand plaisir de t’y voir ! :)
        Tu dois pouvoir contacter Tonton Gee facilement sur Framasphère* pour l’organisation.

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